Первым взрослым клубом Натхо стала «Дружба» из Майкопа, за которую он провёл 18 матчей и забил один гол. В июле 2014 года перешёл в «Барселону», где выступал за молодёжную команду. В 2015 году стал футболистом ЦСКА. В сезоне-2015/16 играл за «молодёжку» «армейцев», забив два гола в 15 матчах. Последней командой Натхо был «Краснодар».
Amir Natkho has signed 1.5 year contract with Lokomotiv Moscow! pic.twitter.com/cwwwe6BRVY
— Leonid Istrati (@LIstrati) 11 февраля 2017 г.