Клуб был основан в 1924 году греческими беженцами из Турции после окончания греко-турецкой войны. Спустя несколько лет после основания АЕК обзавелся собственным стадионом «Никос Гумас», на котором проводил свои домашние матчи на протяжении 70 лет.
Первый успех к клубу пришел в 1932 году – афиняне выиграли греческий Кубок. В 1939-м они праздновали золотой дубль – победу в чемпионате и
Кубке, а на следующий год АЕК еще раз стал чемпионом Греции.
Симпатичная команда у АЕК подобралась в середине 70-х, она добивалась успеха в домашних турнирах и добралась до полуфинала Кубка УЕФА, где потерпела поражение от будущего победителя – туринского «Ювентуса». Следующее счастливое время наступило в начале 90-х. Возглавляемый Душаном Баевичем столичный клуб три раза подряд выигрывал чемпионский титул (с 1992 по 1994) и первым из греческих клубов добрался до группового этапа Лиги Чемпионов. В 1996 году АЕК праздновал победу в Кубке и Суперкубке Греции, а затем дважды доходил до четвертьфинала Кубка Кубков, где в сезоне 1997/98 уступил дорогу московскому «Локомотиву».
Затем АЕК понемногу начал сдавать свои позиции, а в 2004 году чудом избежал перевода низшую лигу по причине банкротства. На пост президента клуба вовремя пришла легенда АЕК – великолепный в прошлом нападающий Демис Николаидис, погасив значительную часть долга, возвратил на стадион болельщиков, а команда сенсационно заняла второе место в чемпионате. И хотя на данный момент у афинской команды больше нет крупных проблем, ее поклонники заждались завоеваний титулов, ведь последний раз АЕК становился чемпионом в 1994 году.
Форма АЕК имеет черно-желтые цвета. На гербе изображен двуглавый орел. АЕК является единственной греческой командой, доходившей до четвертьфинала всех трех еврокубков. Она также обладает непревзойденным европейским рекордом – в розыгрыше Лиги Чемпионов сезона 2002/03 АЕК сыграл вничью все 6 матчей группового турнира.
АЕК является 11-кратным чемпионом Греции (1938/39, 1939/40, 1962/63, 1967/68, 1970/71, 1977/78, 1978/79, 1988/89, 1991/92, 1992/93, 1993/94), 13-кратным обладателем Кубка Греции (1931/32, 1938/39, 1948/49, 1949/50, 1955/56, 1963/64, 1965/66, 1977/78, 1982/83, 1995/96, 1996/97, 1999/00, 2001/02), двукратным обладателем Суперкубка Греции (1988/89, 1995/96), обладателем единственного Кубка Греческой Лиги (1989/90).
В разное время в составе АЕК выступали такие известные футболисты, как: Григорис Георгатос, Михалис Капсис, Демис Николаидис, Теодорос Загоракис, Эмерсон, Милен Петков, Антон Добош, Мохаммед Каллон .
