Майкон родился в городе Дуки-ди-Кашиас неподалёку от Рио-де-Жанейро. Детство Маркеса прошло в фавелах. «Я родился и вырос в фавеле, — рассказывал Майкон. — Мне повезло, потому что моя фавела маленькая, а бандитов в основном интересуют большие пространства, где можно продавать много наркотиков и хорошо зарабатывать на этом. У нас, конечно, бандиты тоже были, но всё-таки жизнь была относительно спокойной».
Майкон начинал карьеру в секции рядом с домом, хотя его отец долго не хотел отдавать сына в футбол, считая, что у того нет потенциала.
«Мой отец в меня не верил, — рассказывал бразилец. — К нам домой приходили люди и говорили ему: «Отведи сына в футбольную академию». Он всегда отвечал: «Кого? Майкона? Он не играет в футбол. Он слишком тощий».
Тем не менее, Майкон начал играть и после одного из турниров на него обратили внимание во «Флуминенсе», который и стал первым профессиональным клубом Маркеса. После двух сезонов в бразильской Серии А Майкон перебрался в «Локомотив».
«Я приехал сюда, когда мне было всего двадцать лет, — вспоминал Майкон. — Никогда не забуду свои первые дни в России. Когда я ещё летел в самолёте и увидел, что за иллюминатором всё вдруг стало белое, я подумал, что это облака. У меня даже мысли не было, что это всё снег! Только выйдя на улицу, я понял, что кругом всё в снегу. Агент, который прилетел со мной, говорил, что скоро наступит настоящая весна, снег растает, а потом будет тёплое лето. Но я ему не верил. Мне казалось, что он просто очень хочет продать меня в «Локомотив» и поэтому специально так говорит. Только познакомившись с Гилерме и Родолфо и услышав от них, что в России несколько месяцев в году вполне можно ходить в шортах, я немного успокоился».
В составе «Локомотива» Майкон стал бронзовым призёром чемпионата России и двукратным обладателем Кубка страны. Маркес отыграл за нашу команду семь сезонов, в общей сложности провёл 193 матча (четвёртое место в истории клуба среди легионеров) и забил 30 голов (третье место в истории клуба среди легионеров).